年的诺贝尔化学奖授予了两位女性科学家埃马纽埃尔·卡彭蒂耶(马克斯·普朗克病原体科学研究所)和珍妮弗·杜德娜(加州大学伯克利分校),表彰她们在基因编辑技术方面做出的贡献。自年2月人类基因组图谱公布以来,科学家尝试了许多基因编辑技术,试图解决遗传病、衰老、器官再造等诸多领域的问题,卡彭蒂耶和杜德娜使用的CRISPR基因编辑技术,简单到一个大学生在简陋的实验室里也能对“生物代码”进行编辑。以下是杜德娜新书《破天机》的详细笔记。
0基因编辑新技术的诞生(第章:寻找解药;第2章:细菌的防御新机制;第3章:破译密码)
开篇序言提到一个比预期来得更快的科学成就:科学家已经完全有能力控制遗传突变。科学家可以使用强大的生物技术来修饰活细胞里的DNA,甚至改造这个星球上所有物种的遗传密码。在诸多基因编辑的工具中,最新也可能是最有效的,当属CRISPR(成簇的、规律间隔的、短回文、重复序列)。有了CRISPR,生物体的基因组就变得像文本一样可以被编辑。(序言p4)
CRISPR是科学家尝试的诸多基因编辑方法中最高效的一种。当有人对此技术的争议表示怀疑时,一个场景是这样——在会议上有人插了一句:“终有一天,我们会认为,不对生殖细胞系进行基因编辑来缓解人类的痛苦,才是不道德的。”这个评论彻底扭转了谈话的方向。(序言p0)基于治病救人的崇高目的,技术的风险是可以暂时被规避的。
遗传学常识概念介绍——
基因组(genome)指的是一个细胞内的全套遗传指令。在生物体内,除了个别突变,绝大多数细胞的基因组都是一致的,基因组告诉生物体如何生长、如何维护自身、如何把基因传给后代。鱼的基因组指导它长出鳃和鳍,并让它在水下呼吸、运动;树的基因组则指导它长出叶片和叶绿体,从阳光中捕获能量。我们内在或外在的身体特征——视力、身高、肤色、对疾病易感性等——都是由基因编码的信息决定的。(p7—8)
组成基因组的分子叫作脱氧核糖核酸,即DNA,它由四种基本单元——即核苷酸——组成。这四种核苷酸往往也被简写为A、G、C、T,这代表了它们的碱基,分别是腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶。这些分子连接成串,两串这样的分子通过碱基配对形成双螺旋结构。……碱基A永远与另一条链上的碱基T配对,而G永远与C配对。这种组合叫作碱基互补配对。每一条链都可以作为模板指导合成出互补链。(p8)
要把DNA的指令转化成蛋白质的组成信息,细胞需要一个关键的中间体分子,叫作核糖核酸,即信使RNA,它是由DNA模板通过一个叫作转录的过程而合成出来的。组成RNA骨架的是核糖,它比DNA中的脱氧核糖多了一个氧原子。信使RNA把信息从细胞核(DNA储藏在这里)运输到细胞质(蛋白质在此合成)。细胞通过一个叫作翻译的过程,利用信使RNA长链——上面包含了基因的序列——来合成出蛋白质分子。每三个RNA字母,当连起来阅读的时候,就意味着一个氨基酸,蛋白质就是这样由一个个的氨基酸组成的。基因与蛋白质的区别在于,前者是核苷酸的序列,而后者是氨基酸的序列。遗传信息的整体流动——从DNA到RNA到蛋白质——被称为分子生物学的中心法则。(p0—)
在基因组内,任何地方(包括23对染色体和线粒体的微小染色体)的突变都可能会引起遗传病。最简单的突变是替换,即一个核苷酸换成了另外一个核苷酸,这可能会扰乱基因,导致蛋白质缺陷。比如,在镰状细胞病中,乙型球蛋白基因里的第7个字母由A变成了T,这就导致了本来的谷氨酸变成了缬氨酸,而且这个氨基酸刚好位于血红蛋白结构的关键区域,对于运输氧气的功能来说非常重要。于是,蛋白质的这个微小突变(在多个原子里有0个发生了变化)就带来了非常严重的后果。突变的血红蛋白分子粘在一起,形成异常纤维,这就会改变红细胞的形状,引起贫血,增加了中风、感染和严重骨痛的风险。(p2)
▲RNA和DNA结构示意图
幸亏最近有了DNA测序技术,科学家才能阅读并记录人类的基因组,继而查明许多疾病的病灶基因。年,在投入了巨大的精力,花费了超过30亿美元之后,科学家终于完成了人类基因组的草图。(p2—3)自从人类基因组计划完成以来,基因测序变得越来越容易,也越来越便宜。科学家已经精确鉴定出了多个会导致遗传病的突变位点。基因测序可以揭示我们是否更容易患上某些癌症,也可以帮助医生根据病人的家族遗传史进行针对性的治疗。(p4)不过,虽然全基因组测序代表了遗传病研究领域的巨大进步,但它只是一种诊断工具,并不是治疗手段。它可以帮助我们找出遗传病的根源何在,但我们依然无法改写DNA。(p4)
一直以来,研究人员就梦想着,我们只要阐明了遗传病的基因机制,就能改写它。事实上,早在遗传病的根源被揭示之前,就有人开始探索治疗遗传病的新方法——不仅仅是让患者服用药物来暂时缓解突变基因的负面影响,而是修复基因本身,以彻底扭转疾病的进程。(p4—5)修复一个缺陷基因无异于大海捞针,而且在取出针的过程中不能打乱任何一根海藻。(p5)目前,病*载体仍然是向活体生物的基因组里插入基因的最有效方式。首先,病*演化出了极为有效的方式,可以渗透进一切类型的细胞。病*劫持细胞,把它们的DNA插入宿主,并借助宿主细胞完成自身的复制。而且,病*知道如何把DNA融入宿主的基因组,它们把自身的遗传信息打碎,安插进细胞的基因组里,所以逆转录病*很难被根除。(p7—8)
作者列举了从70年代到如今的许多基因治疗的尝试,最后确立了基因打靶,也就是基因编辑的方法。但用于临床治疗还需要许多努力。它最大的一个缺陷是所谓的非同源重组的问题,也叫“异常重组”(illegitimatere